Die KGS Neustadt ist eine Kooperative Gesamtschule, in der der Unterricht überwiegend schulzweigbezogen erteilt wird. Die Schule umfasst den Hauptschul-, Realschul- und Gymnasialzweig sowie die Gymnasiale Oberstufe. Jeder Schulzweig hat - wie selbstständige Schulen auch- eine Leiterin bzw. einen Leiter. Die Schülerinnen und Schüler werden entsprechend der Anmeldungen im 5. Schuljahr den drei Schulzweigen Hauptschule, Realschule und Gymnasium zugeteilt. Bedingt durch die hohe Attraktivität der KGS Neustadt mussten in den zurückliegenden Jahren regelmäßig die zur Verfügung stehenden Plätze in allen drei Schulzweigen ausgelost werden.
Integrative Elemente dieser Schule sind der schulzweigübergreifende Unterricht in den Fächern Musik, Kunst und Sport in den Jahrgängen 5-8. Auch der Freizeitbereich mit den Arbeitsgemeinschaften stellt ein schulzweigübergreifendes Angebot dar. Für viele Eltern, die ihr Kind an der KGS Neustadt anmelden, ist der Aspekt der Durchlässigkeit zwischen den Schulformen von hoher Bedeutung. Die Schule unterstützt die Durchlässigkeit u.a. dadurch, dass Schülerinnen und Schüler des Haupt- und Realschulzweiges ab Jahrgang 6 in den Fächern Englisch und Mathematik am Unterricht des jeweiligen höheren Schulzweiges teilnehmen können.
Damit wird eine frühzeitige Festlegung auf eine bestimmte schulische Laufbahn vermieden. In der Praxis zeigt sich seit vielen Jahren, dass eine größere Gruppe von Realschülern nach der 10. Klasse erfolgreich in die gymnasiale Oberstufe wechselt.
Mehr als 30 % der Oberstufenschüler der KGS Neustadt sind ehemalige Realschüler. Für die Eltern ist darüber hinaus sehr wichtig, dass ein möglicher Wechsel des Schulzweiges nicht mit einem Schulwechsel verbunden ist.
Mit der Einführung der Eigenverantwortlichen Schule ab dem Schuljahr 2007/2008 ist der Schulvorstand das wichtigste Entscheidungsgremium der Schule. Ihm gehören an der KGS Neustadt 8 Vertreter der Lehrkräfte und je 4 Vertreter der Eltern und der Schüler an. Der Schulleiter wird der Gruppe der Lehrkräfte zugeordnet. Er ist zugleich Vorsitzender des Gremiums. Das zweitwichtigste Gremium der Schule ist die Gesamtkonferenz, die seit Einführung der Eigenverantwortlichen Schule nur noch über eingeschränkte Entscheidungsbefugnisse verfügt. Ihr gehören Vertreterinnen und Vertreter des Schulelternrates und der Schülervertretung sowie alle Lehrkräfte an. In der Gesamtkonferenz werden in erster Linie pädagogische Grundsätze und das Schulprogramm beschlossen. Im Schulprogramm sind die Ziele festgelegt, die die Schule auf der Basis des „Niedersächsischen Orientierungsrahmens für Schulqualität“ jeweils in einer zweijährigen Arbeitsperiode erreichen will.
Die Fachbereiche sind schulzweigübergreifend organisiert. Die Fachbereichsleitungen sorgen gemeinsam mit allen Fachlehrkräften für die inhaltliche Planung des Unterrichts aller Schulzweige einschließlich der Oberstufe. Die Lehrkräfte werden vorwiegend entsprechend ihrer Ausbildung eingesetzt. Grundsätzlich muss an der KGS Neustadt allerdings jede Lehrkraft bereit sein, bei Bedarf in allen Schulzweigen zu unterrichten. Das Wissen um die Inhalte und Lernbedingungen in den anderen Schulzweigen unterstützt die Durchlässigkeit zwischen den Schulformen. Alle Schulabschlüsse der allgemeinbildenden Schulen sind an der KGS Neustadt erreichbar.
Die Ausbildung der Hauptschüler ist ab Klasse 9 stark berufsbezogen. Sie erhalten zusätzlich eine berufliche Ausbildung an den Berufsbildenden Schulen Neustadt. Dieses Angebot gibt es auf höherem Anspruchsniveau auch für die Realschüler. Nähere Informationen dazu auf der Homepage unter „Neustädter Modell“. Dieses Modell fand und findet Niedersachsen- und bundesweit große Beachtung. Die Schule wurde z.B. 2009 als "stärkste Schule Deutschlands, die zur Ausbildungsreife führt" vom damaligen Bundespräsident Horst Köhler ausgezeichnet und erhielt 2013 aus der Hand des Bundespräsidenten Joachim Gauck den "Deutschen Arbeitgeberpreis für Bildung".